GTA VI (ce) ne avevamo già parlato qui: perché su facebook si perdono alcuni messaggi
Non mi risulta che ci siano disservizi del genere, i messaggi vengono salvati in Cloud. È probabile che tu abbia cliccato elimina conversazione oppure archivia conversazione. Oppure anche che il messaggio che tu hai inviato, aveva "invio in corso" (ad esempio tramite connessione dati, se il telefono non aveva segnale in quel momento) e l'invio in realtà è fallito, quindi messaggio che tu hai scritto ma non è stato inviato correttamente. Se è "sparito" un singolo messaggio allinterno della conversazione, credo sia questa la ragione, altrimenti se è stata cancellata tutta una conversazione, sarà accaduto per sbaglio, eliminazione tua involontaria cliccando.
Edit. Ho notato che, analogamente a Telegram, anche su FB Messenger si può eliminare un messaggio (tuo o anche dell'altra persona) all'interno della vostra conversazione. Non ci capisco il senso (voler eliminare un messaggio che vi siete scritti, salvo necessità particolari) ma è un'operazione possibile a quanto pare. Quindi potrebbe essere anche questa una spiegazione verosimile di quanto accaduto.