Sì, confermo che il surriscaldamento delle pendrive USB è una cosa comune e non danneggia. Se una chiavetta diventa molto calda di suo, con funzionamento normale, lo ha sempre fatto e continua a funzionare come sempre, non preoccuparti. Il surriscaldamento dipende dalla corrente che transita e da come è costruita (dimensione sezione dei circuiti, ecc), quindi è stata progettata per funzionare in quelle condizioni.
Anche io quando collego una chiavetta USB alla TV per vedere un film, ti assicuro che poi la estraggo bella calda.