Il Regno del burundi
Persino dopo il consolidarsi del dominio coloniale tedesco, la presenza europea in Burundi fu ridotta ai minimi termini ed i sovrani locali continuarono a regnare come prima. L'esposizione alle malattie portate dagli Europei fu invece devastante fra la popolazione e gli animali da allevamento. Una grande carestia colpì il Burundi nel 1905, dopo di che ci furono altre epidemie che colpirono l'intera regione del Lago Vittoria nel 1914, 1922 e nel 1944. Tra il 1905 e il 1914, circa metà della popolazione delle pianure occidentali morì a causa delle epidemie.
Nel 1916 la regione del Burundi fu conquistata da un contingente dell'esercito belga, e nel 1923 la Lega delle Nazioni affidò alla protezione del Belgio il nuovo Stato del Ruanda-Urundi, frutto dell'unione dei territori dell'attuale Burundi e Ruanda, con l'eccezione dei territori ad occidente, che vennero annessi al protettorato britannico del Tanganica. L'amministrazione dei belgi avvenne per via indiretta tramite il governo dell'aristocrazia locale ganwa, affiancate dall'élite tutsi, soprattutto del clan banyaruguru. I quadri hutu, benché godessero di prestigio nell'organizzazione tradizionale, vennero sistematicamente esclusi.
Dopo la Seconda Guerra Mondiale, il Ruanda-Urundi divenne un protettorato delle Nazioni Unite sotto amministrazione belga. Dopo il 1948 l'autorità belga permise la creazione dei partiti politici nel Burundi. Da questo processo nacquero due formazioni politiche principali:
l'Unione per il Progresso Nazionale (UPRONA), una formazione multietnica guidata dal principe ganwa Louis Rwagasore.
il Partito Democratico Cristiano (PDC), supportato dal Belgio.
Nel 1961 il principe Rwagasore venne assassinato, provocando come reazione la vittoria elettorale dell'UPRONA nelle elezioni legislative.