PyMOL: visualizzare molecole in 3D (figata!)

Giulio_M

Ho scoperto per caso il software PyMOL (pymol.org), <<software libero di grafica 3D utilizzato per la rappresentazione di biomolecole in biochimica e bioinformatica>>. Fra gli sviluppatori, fa parte di schrodinger.com: <<Opening new worlds for molecular discovery>>.

PyMOL è disponibile per Windows, macOS, Linux. È poi possibile interfacciarlo con codice Python e la prima parte del nome si riferisce prorio a questo.

Tralasciando "cose complicate", con semplici step possiamo usare il programma per visualizzare in 3D diverse molecole, seguendo questa procedura:

dobbiamo scaricare un file PDB (Protein Data Bank), ovvero <<archivio per dati di struttura in 3-D di proteine e acidi nucleici>>, troviamo una lista enorme, scaricabile gratuitamente, su rcsb.org, oppure scrivere su Google ad esempio "benzene pdb" e troviamo risultati come questi, anche il codice da fare copia-incolla in un file di testo e salvarlo in formato .pdb, ad esempio nel caso del benzene il codice è il seguente:

COMPND    UNNAMED
AUTHOR    GENERATED BY OPEN BABEL 2.2.3
HETATM    1  C1  BEN     1      -2.145   0.973  -0.003  1.00  0.00           C  
HETATM    2  H1  BEN     1      -3.103   0.460  -0.005  1.00  0.00           H  
HETATM    3  C2  BEN     1      -2.100   2.367   0.009  1.00  0.00           C  
HETATM    4  H2  BEN     1      -3.023   2.940   0.016  1.00  0.00           H  
HETATM    5  C3  BEN     1      -0.870   3.025   0.012  1.00  0.00           C  
HETATM    6  H3  BEN     1      -0.836   4.111   0.021  1.00  0.00           H  
HETATM    7  C4  BEN     1       0.314   2.290   0.003  1.00  0.00           C  
HETATM    8  H4  BEN     1       1.273   2.803   0.005  1.00  0.00           H  
HETATM    9  C5  BEN     1       0.270   0.895  -0.009  1.00  0.00           C  
HETATM   10  H5  BEN     1       1.193   0.322  -0.016  1.00  0.00           H  
HETATM   11  C6  BEN     1      -0.959   0.237  -0.012  1.00  0.00           C  
HETATM   12  H6  BEN     1      -0.995  -0.849  -0.021  1.00  0.00           H  
END

dopodiché, l'interfaccia del programma, salvo usi avanzati, è anche semplice: File, Open, apriamo il file .pdb che abbiamo scaricato e lo visualizziamo in 3D, possiamo agire sullo zoom, muoverlo, ruotarlo (la barra sotto nel programma, consente di scrivere codice e configurazioni avanzate, che per ora ignoriamo)
pymolwiki.org contiene tutte le guide e documentazione, esempi anche del tipo Practical Pymol for Beginners

Vediamo quindi alcuni screenshot, con i seguenti esempi: Benzene (C6H6), COVID-19, Emoglobina, altre immagini tratte dal sito ufficiale.

pymol-benzene-covid
pymol-emoglobina-altri-esempi

Conoscevate PyMOL? Tralasciando poi gli usi più complessi e avanzati, vi piace la possibilità di vedere molecole in 3D in questo modo? 🙂

Armoniabiricchina attenzione sono sensibile

Giulio_M certamente è cosa utile oltre che stimolante per studenti e ricercatori che prima non avevano a disposizione queste risorse in più che associate ad AI chissà a quali nuove frontiere di ricerca e sviluppo ci porteranno

Giulio_M

🔝 🔝