𝓐𝓵𝓯𝓪𝓻𝓸𝓶𝓮𝓸𝓶𝓪𝓷 oddio, bella domanda! Direi che dipende dall'ambito, così su due piedi non saprei tanto cosa dirti. Più che il singolo software in sé, è tutto il sistema che ci sta dietro direi.
Molti software nati con la filosofia del "software libero", sono forse originari dell'ambiente Linux (poi diffusi su Windows per questioni di ovvia popolarità), quindi probabilmente Audacity, Inkscape, probabilmente anche Krita come dici tu, ecc.
Sicuramente il terminale (nelle tante varianti che ci sono)!! La bash shell è enormemente più performante e versatile, potente, migliore dell'analogo batch/DOS dell'ambiente Windows.
Vari tool da riga di comando (di ogni genere, es. Kali Linux ma anche per ambiti diversi), sono sicuramente più adatti all'ambiente Linux.