Per abituarsi agli "effetti collaterali" di uno sport, occorre appunto... Abituarsi! Male sia dietro che davanti, le prime volte è abbastanza normale, poi a quanto pare un ciclista abituato riesce a percorrere regolarmente molti chilometri, senza avere problemi in questo senso.
Al momento ti consiglio di stare semplicemente a riposo (un po' di riposo e passa tutto, è una cosa normale), poi ovviamente se non ne fai già uso, quando vai in bici almeno per i giri medio-lunghi indossa sempre i pantaloncini con imbottitura. Per il resto è questione di abitudine, analogamente al "male alle articolazioni" dovuto alla corsa, e come si risolve la cosa? Semplicemente iniziando in modo graduale, fai in modo che il tuo corpo possa abituarsi a quel tipo di attività, inizi graduale senza sforzare e poi col tempo ti abitui senza problemi.